Gli ambienti
Benché molti formaggi vengano consumati freschi, entro pochi giorni dalla loro produzione, la consuetudine più diffusa è quella di farli stagionare per un periodo che può variare da qualche settimana a 1-2 anni e, in casi eccezionali, fino a quattro e oltre. Questa prassi è nata da esigenze concrete: il latte tende ad avere una produzione stagionale, con punte qualitative e quantitative nel periodo primaverile-estivo, e solo con la sua conservazione come formaggio era possibile distribuirne il consumo lungo tutto l'arco dell'anno. La stagionatura deve sempre avvenire in locali appositi, con temperatura fresca, di norma intorno ai 10-15°, e tasso di umidità alto e costante (prima dell'avvento della refrigerazione l'operazione avveniva in grotte naturali o artificiali, sporadicamente utilizzate ancora oggi). Durante la stagionatura le forme vengono periodicamente rivoltate per evitare che si producano rigonfiamenti sulla faccia esterna.

Cura della crosta
Per impedire la proliferazione eccessiva di muffe o l'attacco da parte di parassiti quali gli acari, i formaggi a crosta morbida vengono di tanto in tanto lavati con una soluzione di acqua e sale, mentre per prevenire fessurazioni e crepe quelli a crosta dura vengono unti con sostanze oleose. Per questa operazione si utilizzano di norma gli olii di semi, ma esistono numerose alternative (olio di oliva, grasso animale...) a seconda del tipo di formaggio e della zona di provenienza.

Trasformazioni chimico-fisiche
Durante la stagionatura la pasta perde gran parte del proprio contenuto in acqua (il calo peso nei lunghi periodi è superiore al 30% del totale iniziale), si compatta, subisce la trasformazione di grassi e proteine e la fermentazione degli zuccheri residui, assumendo il proprio caratteristico sapore: la formazione di gas può produrre un'occhiatura di dimensioni molto variabili, che a seconda del formaggio è considerata un pregio o un difetto. Queste trasformazioni sono più evidenti nei prodotti a latte crudo. La cagliata stagionando cambia anche colore, passando da quello biancastro a quello giallo-paglierino più o meno intenso. Poiché il formaggio "nasce" a tutti gli effetti durante la stagionatura, è evidente che una fretta eccessiva, ambienti poco adatti o trascuratezza nell'eseguire le operazioni necessarie possono dare luogo in questa fase a cattivi risultati anche se la materia prima e la lavorazione sono di qualità eccellente. È pertanto della massima importanza l'intervento dello stagionatore (o affinatore) professionista, che acquista il formaggio dal produttore, lo seleziona e ne cura l'evoluzione, provvedendo quindi al taglio e alla messa in vendita delle forme quando queste hanno raggiunto la perfetta maturazione.

L'affinamento
Quando la maggioranza dei prodotti caseari non usciva dall'ambito della zona di produzione il compito della stagionatura era in genere appannaggio dello stesso casaro: la nascita di un mercato nazionale ha tuttavia fatto sorgere nuove figure, quella dello stagionatore professionista di formaggi, che ritira dai produttori le forme fresche occupandosi della loro maturazione, e quella analoga ma più specializzata dell'affinatore, che acquista prodotti già stagionati portandoli, grazie a particolari cure, al massimo grado possibile di perfezione. Svolgere un lavoro di questo tipo, dato che i nemici principali dei formaggi sono l'essiccamento e gli sbalzi termici, significa innanzitutto possedere il luogo di stagionatura adatto, dotato di una temperatura e di un'umidità relativamente controllabili in ogni stagione, privo di finestre ma ben aereato e non troppo angusto, in modo da evitare sovraffollamenti.
Gli scaffali su cui le forme vengono sistemate devono inoltre essere inoltre rigorosamente di legno non trattato con sostanze chimiche. Ma queste condizioni, realizzabili solo in una grotta o in una cantina ricavata al di sotto del livello del suolo, non sono sufficienti per stagionare al meglio. Il formaggio evolve grazie a una flora microbica trasmessagli in parte dall'ambiente in cui si trova, la quale richiede molti anni per assestarsi in maniera ottimale. L'importanza di questo fattore è maggiore di quanto si pensi: per esempio in molti paesi della Campania e della Basilicata l'inagibilità delle grotte tradizionali in seguito al terremoto del 1980 ha modificato in misura rilevante le caratteristiche di certi latticini, infrangendo un equilibrio che ha richiesto anni per essere ripristinato. Una cantina di stagionatura non si improvvisa dunque in poco tempo: quanto più è antica, tanto meglio adempirà al suo compito.
L'ambiente giusto è però solo un contenitore inerte senza l'uomo. In cantina il formaggio non si limita a soggiornare: deve essere accudito con attenzione, rivoltandolo spesso, pulendolo, oliandolo o lavandolo con acqua e sale. Non è un caso che i formaggi industriali si consumino tutti giovani: la produzione può essere infatti svolta dalle macchine, ma una stagionatura media o lunga non può avvenire senza il continuo intervento manuale dell'uomo, con i costi che ciò comporta.
Decisiva è infine l'esperienza dello stagionatore-affinatore, il quale deve conoscere a fondo le esigenze e le caratteristiche dei formaggi che tratta: per esempio differenze quasi impercettibili nelle dimensioni della forma o nell'epoca di produzione possono incidere sui tempi di maturazione. Solo l'occhio e la pratica, aiutati in qualche caso da una tassellatura, riescono a dire con esattezza quando un prodotto è pronto per essere tagliato e consumato.